1
|
R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
|
2
|
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
|
3
|
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
|
4
|
|
5
|
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
|
6
|
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
|
7
|
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
|
8
|
|
9
|
Natural language support but running in an English locale
|
10
|
|
11
|
R is a collaborative project with many contributors.
|
12
|
Type 'contributors()' for more information and
|
13
|
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
|
14
|
|
15
|
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
|
16
|
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
|
17
|
Type 'q()' to quit R.
|
18
|
|
19
|
> setwd("/home/gcube/tomcat/webapps/wps/config/../ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs")
|
20
|
> source('/home/gcube/tomcat/webapps/wps/config/../ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs/9992dfb3-788e-46b1-a4c3-d6a17b881706main_Ichthyop_multiple_runs.R')
|
21
|
Parallelising on 2 clusters
|
22
|
Writing file in /home/gcube/tomcat/webapps/wps/ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs/ichthyop/data
|
23
|
File name is ichthyop_multiple_runs_2017-03-13_12-53-19.csv
|
24
|
File path is /home/gcube/tomcat/webapps/wps/ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs/ichthyop_multiple_runs_2017-03-13_12-53-19.csv
|
25
|
Computing...
|
26
|
null
|
27
|
Loading required package: rmarkdown
|
28
|
Loading required package: rCharts
|
29
|
Loading required package: RPostgreSQL
|
30
|
Loading required package: DBI
|
31
|
Loading required package: ncdf4
|
32
|
Loading required package: rgdal
|
33
|
Loading required package: sp
|
34
|
rgdal: version: 1.2-5, (SVN revision 648)
|
35
|
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
|
36
|
Loaded GDAL runtime: GDAL 1.10.1, released 2013/08/26
|
37
|
Path to GDAL shared files: /usr/share/gdal/1.10
|
38
|
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.8.0, 6 March 2012, [PJ_VERSION: 480]
|
39
|
Path to PROJ.4 shared files: (autodetected)
|
40
|
Linking to sp version: 1.2-4
|
41
|
Loading required package: maptools
|
42
|
Checking rgeos availability: TRUE
|
43
|
Loading required package: rgeos
|
44
|
rgeos version: 0.3-22, (SVN revision 544)
|
45
|
GEOS runtime version: 3.4.2-CAPI-1.8.2 r3921
|
46
|
Linking to sp version: 1.2-4
|
47
|
Polygon checking: TRUE
|
48
|
|
49
|
Loading required package: ggmap
|
50
|
Loading required package: shapefiles
|
51
|
Loading required package: foreign
|
52
|
|
53
|
Attaching package: ‘shapefiles’
|
54
|
|
55
|
The following objects are masked from ‘package:foreign’:
|
56
|
|
57
|
read.dbf, write.dbf
|
58
|
|
59
|
Loading required package: rworldmap
|
60
|
### Welcome to rworldmap ###
|
61
|
For a short introduction type : vignette('rworldmap')
|
62
|
Loading required package: geosphere
|
63
|
Loading required package: data.table
|
64
|
Loading required package: httr
|
65
|
Loading required package: XML
|
66
|
Loading required package: parallel
|
67
|
Loading required package: foreach
|
68
|
Loading required package: doParallel
|
69
|
Loading required package: iterators
|
70
|
trying URL 'http://data.d4science.org/cmZiaEkvQ21jWnNncGhJR2pFRTdYS3BmWG44bU93VW1HbWJQNStIS0N6Yz0'
|
71
|
Content type 'application/zip' length unknown
|
72
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
73
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
74
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
75
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
76
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
77
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
78
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
79
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
80
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
81
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
82
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
83
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
84
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
85
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
86
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
87
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
88
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
89
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
90
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
91
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
92
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
93
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
94
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
95
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
96
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
97
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
98
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
99
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
100
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
101
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
102
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
103
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
104
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
105
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
106
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
107
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
108
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
109
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
110
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
111
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
112
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
113
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
114
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
115
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
116
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
117
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
118
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
119
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
120
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
121
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
122
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
123
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
124
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
125
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
126
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
127
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
128
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
129
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
130
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
131
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
132
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
133
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
134
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
135
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
136
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
137
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
138
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
139
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
140
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
141
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
142
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
143
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
144
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
145
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
146
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
147
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
148
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
149
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
150
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
151
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
152
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
153
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
154
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
155
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
156
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
157
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
158
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
159
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
160
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
161
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
162
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
163
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
164
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
165
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
166
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
167
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
168
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
169
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
170
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
171
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
172
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
173
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
174
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
175
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
176
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
177
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
178
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
179
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
180
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
181
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
182
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
183
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
184
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
185
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
186
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
187
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
188
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
189
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
190
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
191
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
192
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
193
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
194
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
195
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
196
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
197
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
198
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
199
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
200
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
201
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
202
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
203
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
204
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
205
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
206
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
207
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
208
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
209
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
210
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
211
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
212
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
213
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
214
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
215
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
216
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
217
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
218
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
219
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
220
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
221
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
222
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
223
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
224
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
225
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
226
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
227
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
228
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
229
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
230
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
231
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
232
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
233
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
234
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
235
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
236
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
237
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
238
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
239
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
240
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
241
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
242
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
243
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
244
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
245
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
246
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
247
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
248
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
249
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
250
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
251
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
252
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
253
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
254
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
255
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
256
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
257
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
258
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
259
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
260
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
261
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
262
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
263
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
264
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
265
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
266
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
267
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
268
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
269
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
270
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
271
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
272
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
273
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
274
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
275
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
276
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
277
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
278
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
279
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
280
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
281
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
282
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
283
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
284
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
285
|
.......... .......... .......... .......... ..........
|
286
|
.......... .......... ..........
|
287
|
downloaded 10.5 MB
|
288
|
|
289
|
Error in { : task 1 failed - "object 'out1' not found"
|
290
|
Calls: source ... withVisible -> eval -> eval -> %dopar% -> <Anonymous>
|
291
|
In addition: Warning messages:
|
292
|
1: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
|
293
|
there is no package called ‘ggmap’
|
294
|
2: use rgdal::readOGR or sf::st_read
|
295
|
3: use rgdal::readOGR or sf::st_read
|
296
|
Execution halted
|
297
|
null
|