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Julien Barde, Mar 13, 2017 12:57 PM

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R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
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Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
3
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
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R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
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You are welcome to redistribute it under certain conditions.
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Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
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  Natural language support but running in an English locale
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11
R is a collaborative project with many contributors.
12
Type 'contributors()' for more information and
13
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
14

    
15
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
16
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
17
Type 'q()' to quit R.
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> setwd("/home/gcube/tomcat/webapps/wps/config/../ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs")
20
> source('/home/gcube/tomcat/webapps/wps/config/../ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs/9992dfb3-788e-46b1-a4c3-d6a17b881706main_Ichthyop_multiple_runs.R')
21
Parallelising on 2 clusters 
22
Writing file in /home/gcube/tomcat/webapps/wps/ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs/ichthyop/data 
23
File name is ichthyop_multiple_runs_2017-03-13_12-53-19.csv
24
File path is /home/gcube/tomcat/webapps/wps/ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs/ichthyop_multiple_runs_2017-03-13_12-53-19.csv
25
Computing...
26
null
27
Loading required package: rmarkdown
28
Loading required package: rCharts
29
Loading required package: RPostgreSQL
30
Loading required package: DBI
31
Loading required package: ncdf4
32
Loading required package: rgdal
33
Loading required package: sp
34
rgdal: version: 1.2-5, (SVN revision 648)
35
 Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
36
 Loaded GDAL runtime: GDAL 1.10.1, released 2013/08/26
37
 Path to GDAL shared files: /usr/share/gdal/1.10
38
 Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.8.0, 6 March 2012, [PJ_VERSION: 480]
39
 Path to PROJ.4 shared files: (autodetected)
40
 Linking to sp version: 1.2-4 
41
Loading required package: maptools
42
Checking rgeos availability: TRUE
43
Loading required package: rgeos
44
rgeos version: 0.3-22, (SVN revision 544)
45
 GEOS runtime version: 3.4.2-CAPI-1.8.2 r3921 
46
 Linking to sp version: 1.2-4 
47
 Polygon checking: TRUE 
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Loading required package: ggmap
50
Loading required package: shapefiles
51
Loading required package: foreign
52

    
53
Attaching package: ‘shapefiles’
54

    
55
The following objects are masked from ‘package:foreign’:
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    read.dbf, write.dbf
58

    
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Loading required package: rworldmap
60
### Welcome to rworldmap ###
61
For a short introduction type : 	 vignette('rworldmap')
62
Loading required package: geosphere
63
Loading required package: data.table
64
Loading required package: httr
65
Loading required package: XML
66
Loading required package: parallel
67
Loading required package: foreach
68
Loading required package: doParallel
69
Loading required package: iterators
70
trying URL 'http://data.d4science.org/cmZiaEkvQ21jWnNncGhJR2pFRTdYS3BmWG44bU93VW1HbWJQNStIS0N6Yz0'
71
Content type 'application/zip' length unknown
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290
Calls: source ... withVisible -> eval -> eval -> %dopar% -> <Anonymous>
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In addition: Warning messages:
292
1: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
293
  there is no package called ‘ggmap’
294
2: use rgdal::readOGR or sf::st_read 
295
3: use rgdal::readOGR or sf::st_read 
296
Execution halted
297
null