BlueBRIDGE

R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"

Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing

Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

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> setwd("/home/gcube/tomcat/webapps/wps/config/../ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs")

> source('/home/gcube/tomcat/webapps/wps/config/../ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs/9992dfb3-788e-46b1-a4c3-d6a17b881706main_Ichthyop_multiple_runs.R')

Parallelising on 2 clusters 

Writing file in /home/gcube/tomcat/webapps/wps/ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs/ichthyop/data 

File name is ichthyop_multiple_runs_2017-03-13_12-53-19.csv

File path is /home/gcube/tomcat/webapps/wps/ecocfg/rscr_1866bec1-1e60-40f6-b8e0-a45926fabdcf/Ichthyop_multiple_runs/ichthyop_multiple_runs_2017-03-13_12-53-19.csv

Computing...

null

Loading required package: rmarkdown

Loading required package: rCharts

Loading required package: RPostgreSQL

Loading required package: DBI

Loading required package: ncdf4

Loading required package: rgdal

Loading required package: sp

rgdal: version: 1.2-5, (SVN revision 648)

 Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded

 Loaded GDAL runtime: GDAL 1.10.1, released 2013/08/26

 Path to GDAL shared files: /usr/share/gdal/1.10

 Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.8.0, 6 March 2012, [PJ_VERSION: 480]

 Path to PROJ.4 shared files: (autodetected)

 Linking to sp version: 1.2-4 

Loading required package: maptools

Checking rgeos availability: TRUE

Loading required package: rgeos

rgeos version: 0.3-22, (SVN revision 544)

 GEOS runtime version: 3.4.2-CAPI-1.8.2 r3921 

 Linking to sp version: 1.2-4 

 Polygon checking: TRUE 

Loading required package: ggmap

Loading required package: shapefiles

Loading required package: foreign

Attaching package: ‘shapefiles’

The following objects are masked from ‘package:foreign’:

    read.dbf, write.dbf

Loading required package: rworldmap

### Welcome to rworldmap ###

For a short introduction type : 	 vignette('rworldmap')

Loading required package: geosphere

Loading required package: data.table

Loading required package: httr

Loading required package: XML

Loading required package: parallel

Loading required package: foreach

Loading required package: doParallel

Loading required package: iterators

trying URL 'http://data.d4science.org/cmZiaEkvQ21jWnNncGhJR2pFRTdYS3BmWG44bU93VW1HbWJQNStIS0N6Yz0'

Content type 'application/zip' length unknown

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Error in { : task 1 failed - "object 'out1' not found"

Calls: source ... withVisible -> eval -> eval -> %dopar% -> <Anonymous>

In addition: Warning messages:

1: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :

  there is no package called ‘ggmap’

2: use rgdal::readOGR or sf::st_read 

3: use rgdal::readOGR or sf::st_read 

Execution halted

null